Team Meat wollte The Binding of Isaac gern im Eshop für den Nintendo 3DS veröffentlichen, aber dies wurde von Nintendo untersagt. Laut einem Twitter-Beitrag werden als Grund nach langer interner Diskussion beim japanischen Publisher "fragwürdige, religiöse Inhalte" angeführt. Im Anschluss lobt er vor allem Steam, die ohne Zensur auskommen würden.
In The Binding of Isaac spielen einen kleinen Jungen namens Isaac, der vor seiner fanatisch religiösen Mutter flieht. Die glaubt nämlich von Gott den Auftrag bekommen zu haben, ihren Sohn umzubringen. Auf seiner Flucht muss sich der kleine Junge durch verworrene Labyrinthe kämpfen.
Aber zumindest gibt es kein böses Blut gegen Nintendo, Edward McMillen von Team Meat schreibt ebenfalls, dass diese Entscheidung künftige Projekte nicht beeinflussen würde und die Beziehungen nicht schlecht seien. Gegenüber dem Spiele-Blog Joystick gibt er aber außerdem an, den Titel auf ein bis zwei Plattformen von Sony portieren zu wollen. Neben der Playstation 3 und der Playstation Vita, bietet Sony weitere Plattformen in Form von Tablets und Mobiltelefonen auf Android-Basis.